商栈应放在杭州府北侧的大运河沿岸，不能随意摆在普通水面或城内空地。进入“营造—居住”找到商栈后，沿着大运河边缘移动建筑，直到系统显示可以建造的位置；标准判定是商栈的3×3占地中，有一排横向三格伸入大运河，通常对应建筑右上方的三格。摆放时还要保证商栈与陆地道路相连，否则建筑虽然能落地，后续店铺生产、收货和祝福判定可能无法正常生效。最稳妥的做法是先铺一条贴河道路，再从河岸向内调整商栈，不要先把周围空地全部占满。
五个商栈应沿大运河的五处可用岸线分段摆放，而不是集中叠在同一片区域。商栈本体为3×3建筑，彼此的占地和祝福范围不能随意重叠，强行挨放不仅会出现无法建造，还会浪费河岸格子。布局时建议优先使用连续、规整的河岸：让每个商栈的入水三格都完整贴合河道，陆地一侧统一接道路，内侧再预留店铺和仓储空间。若某个位置需要向河面多空出两行才能放下商栈，应更换到下一段岸线，避免为了挤进一格而破坏整体布局。
准备升级特殊商栈时，商栈位置要兼顾祝福范围和配套店铺的位置。文化商栈需要两座四级画室、两座四级瓷器店和两座四级伞店；建材商栈需要两座四级家具铺、两座四级瓦片店和两座四级花窗店；特产商栈需要两座四级灯笼店、两座四级折扇店和两座四级团扇店；便民商栈需要两座四级油店、两座四级药铺和两座四级成衣店。刚解锁杭州时，不必立即按高级商栈公式铺满，先把普通商栈放到道路最顺、扩建空间最大的河段；资源充足后，再围绕商栈集中摆放对应店铺并逐级升到四级。
不同发展阶段的最佳位置重点不同：杭州开荒阶段优先选择靠近现成道路、施工方便的第一块河岸，减少铺路和搬迁成本；中期应把商栈放在能容纳六类配套店铺的开阔区域，避免商栈旁边被装饰物、居民建筑或生产建筑堵死；后期追求稳定收益时，可按“河岸商栈—内侧配套店铺—外围仓库”的顺序规划，把同一类型的生产店集中在对应商栈祝福范围内。常见误区是把商栈放到杭州其他河道、只让一两格接触水面、忘记连接道路，或先建满普通建筑再发现四级配套店铺没有位置。实际操作时应先确认河道判定，再确认道路连通，最后根据目标商栈类型摆放店铺。
