星露谷物语移除作物主要依靠锄头、斧头、镰刀操作，枯萎作物还能借助镰刀快速清理，大面积地块可谨慎使用炸弹清除，所有手动铲除方式都不会返还种子，操作前需要确认地块规划，避免误删有持续产出价值的作物。
常规状态下，处于任意生长阶段的普通作物，装备锄头对准目标作物点击挥动就能直接移除，耕地会保留开垦状态，无需重新锄地，这也是调整种植布局最常用的手段。斧头除了铲除普通作物外，专门用于处理西瓜、南瓜形成的9格巨型作物，巨型作物无法用锄头清理，多次挥动斧头砍伐后，除清除植株还会产出对应作物果实。需要留意，锄头和斧头每次使用都会消耗体力，连片清理作物时建议备好食物恢复体力，同时远离周边不想移除的植株，防止操作失误。
换季枯萎的作物拥有更便捷的清理方式，镰刀可以无损清除所有枯萎植株，挥动镰刀不会消耗体力，还能一次性清理相邻多个枯萎作物，适合季节更替后大规模整理农田。镰刀无法直接移除正常生长的作物，只能用于收割小麦、向日葵这类特殊作物，新手容易混淆镰刀功能，尝试用镰刀清理青苗只会判定为无效操作。温室、姜岛农场不受季节限制，种植的远古果实、蔓越莓等多次收获作物，想要移除同样依靠锄头，这类长期产出作物移除前一定要权衡收益，避免造成持续收益中断。
想要一次性清空大片农田时，可以使用炸弹快速清除范围内全部作物，但该方法风险极高，炸弹会无差别摧毁范围内所有植株、洒水器、栅栏等设施，很容易误破坏农场基础设施，仅适合地块内无其他重要道具、作物全部需要清理的场景，日常精细化调整布局不推荐使用。另外游戏内不存在踩踏、动物冲撞损毁作物的机制，不能依靠行走、放牧的方式移除作物，不要尝试这类无效操作浪费时间。
移除作物还有不少实用细节值得留意，被闪电击中枯萎的作物和换季枯萎作物清理规则一致；搭架作物如四季豆、啤酒花，移除方式和普通作物相同，锄头即可清除；任何生长阶段的作物被手动铲除后，种子都会直接消失，不存在回收种子的机制，临近成熟的作物尽量等到收获完成再清理。规划农场时最好提前预留调整周期，减少频繁铲除青苗带来的种子成本损耗，合理搭配洒水器布局，降低后期大规模改动农田的频率。
