南天门大树上的封印宝箱不需要击败周围怪物，也不需要使用特定元素或角色，解封条件是找到两只仙灵，并将它们分别引导到宝箱旁的两座仙灵台。宝箱位于南天门与琥牢山之间的大型水晶树上方，靠近树干后向上攀爬即可看到。若地图上同时出现“南天门之谜”的任务指引，先在璃月港与嘉义对话接取任务，再按照任务路线前往南天门，能够更快锁定大树和宝箱位置；单纯处理宝箱时，核心要求仍然是完成两只仙灵的归位。
第一只仙灵在大树下方，通常位于树根附近或宝箱下方的地面区域，靠近后它会自动开始移动。沿着仙灵的飞行路线跟随，不要提前跑到过远的位置，否则容易失去目标；它会绕过树干或岩石，最终抵达树上的一座仙灵台。角色可以直接从树根、岩壁或树枝向上攀爬，体力不足时先落到较宽的树枝上恢复，再继续追踪。仙灵抵达底座后会自动点亮，第一座机关完成，不需要攻击、元素附着或其他交互。
第二只仙灵位于宝箱附近的另一侧树杈上，常见位置是第一座仙灵台的对面树枝、叶片或较高的枝干处。完成第一只仙灵后，站在已点亮的底座旁转动镜头，优先检查对面树杈和上层枝叶；如果颜色与树叶混在一起，可以连续使用元素视野寻找可交互的仙灵轮廓。找到后靠近它并重复跟随流程，将其带到剩余的仙灵台。两只仙灵、两座仙灵台必须全部完成，少任意一只时宝箱仍会保持封印状态。
两座仙灵台同时点亮后，宝箱外层禁制会立即消失，回到树上的宝箱旁即可直接开启。整个解谜没有冒险等级、角色等级、元素属性或限时挑战门槛，低等级玩家也能完成，真正的限制只有攀爬过程中的体力管理和仙灵路线判断。若靠近后没有看到仙灵，先确认是否漏看树下区域，再检查第一座底座正对面的树杈；若仙灵停在半途，重新靠近它即可继续引导。完成归位后不要继续寻找隐藏机关，宝箱会在两只仙灵归位的瞬间解除封印。
