深空之眼风暴信标整体玩法分为异常信号、风暴核心、迷境信标三个递进式六边形航海格子关卡，核心玩法依靠洋流操控船只、水泡改变洋流走向、水下探测器解锁隐藏奖励，全程需要把控船只耐久值，合理规划行进路线才能完成全收集通关，三个关卡难度依次提升，风暴核心是整个玩法中机制最复杂、路线规划要求最高的部分，也是玩家最容易卡关的环节。
风暴信标基础移动机制采用无转向自由滑行模式，船只选定方向后会顺着洋流持续滑动，主动撞击红色礁石会直接扣除船体耐久，耐久归零则关卡强制重置，蓝色普通洋流仅改变行进方向不会造成伤害，红色强力洋流可以直接撞碎阻挡道路的礁石，但单次撞击依旧会小幅消耗耐久，地图内分布的红色水泡与白色水泡是调整洋流的关键道具，触碰红色水泡会直接改写周边红色洋流的流向，白色水泡多用于解锁隐藏航道，所有被礁石封锁的奖励点位，都需要依靠调整后的洋流完成破障才能抵达，开局优先观察整张地图的洋流排布，避免盲目滑动浪费耐久，是高效通关的基础思路。
水下探测器是风暴信标玩法的核心功能性道具，只能在船只停靠静止状态下释放，探测器可以探索船体周围一格范围内的水域，拾取船只无法直接接触的隐藏宝箱、红色芯片与电子元件，异常信号关卡需要收集两枚红色芯片才能解锁最终金色大奖箱，风暴核心关卡则依靠探测器拾取电子元件推进主线通路，使用探测器后必须操控其回到船体位置点击回收，否则无法再次释放，在复杂礁石区域探索时，建议先放出探测器探明周边地形，再操控船只移动，能够大幅减少迷路和耐久损耗，优先完成探测器相关收集任务，再推进主线出口，可以一次性拿满关卡全部奖励，避免二次折返重走路线。
风暴核心作为高难度关卡，额外加入了动态巡逻视骸单位，该单位会随船只位置实时变换巡逻路线，直接接触视骸会快速扣除大量耐久，行进时需要利用地图漩涡点位改变自身位置，错开视骸巡逻轨迹，标准路线为先向左下角航行，借助右下角漩涡引动视骸变位，随后向下抵达红色洋流区域，斜向左上进入第二个漩涡再次调整视骸位置，贴着地图最左侧边缘向下行进，依次利用洋流撞开两层红色礁石，触碰水泡调整通路后即可抵达出口，全程尽量走外圈航道，减少在礁石密集区的停留时间，耐久尽量保留三分之一以上，应对突发路线调整，不要强行直线穿越视骸巡逻范围。
迷境信标作为收尾关卡，机制融合了前两关所有内容，洋流变化频率更高，隐藏宝箱数量最多，通关不需要强制对抗动态单位，重点在于利用交替的红白洋流串联所有航道，完成风暴信标全部三个关卡后，可一次性领取移转之辉、四星启示录、高级赋能模块等稀有养成奖励，想要最大化收益建议每一关都完成全宝箱收集，单纯直奔出口只会拿到基础通关奖励，熟练掌握洋流滑行、水泡改向、探测器运用三个核心技巧后，整个风暴信标玩法就能轻松通关，没有额外的角色战斗环节，完全依靠地形解谜完成挑战。
