口袋妖怪火红打完华蓝道馆后，核心路线是先去24号道路触发剧情拿船票，再经5号道路地下通道前往枯叶市，拿到居合斩后挑战枯叶道馆，后续可选择走地鼠洞穴拿闪光或经9号道路、岩山隧道前往紫苑镇推进剧情。
击败华蓝道馆馆主小霞获得蓝色徽章后，先离开道馆恢复宝可梦状态，随后前往华蓝市右上角的24号道路。此处会遇到劲敌，对战后获得声音记录器，继续前行会遭遇火箭队手下，击败后可获得金珠。一路抵达25号道路尽头的海角小屋，帮助变回皮皮的正辉恢复人形，即可获得圣特安努号船票，这是解锁枯叶市码头剧情的关键道具。返回华蓝市后，前往城市右侧的5号道路，此处设有宝可梦饲育屋，可用于培育宝可梦。沿5号道路前行找到地下通道入口，穿过通道抵达6号道路，一路向下就能到达枯叶市。
进入枯叶市后，先在宝可梦中心柜台旁的小女孩处获取对战搜寻器，方便后续重复挑战训练师刷级。前往宝可梦爱好者俱乐部，与会长对话获得自行车兑换券，可返回华蓝市自行车店兑换免费自行车，大幅提升移动效率。接着在枯叶市钓鱼人小屋获取破旧钓竿，解锁水域垂钓玩法。准备就绪后，前往枯叶港登上圣特安努号游轮，在船舱内会再次遇到劲敌，击败后前往船长室，帮船长按摩后获得秘传学习器01居合斩，学会后可砍伐挡路的小树。
拿到居合斩后返回枯叶市，用其砍断枯叶道馆前的小树，挑战电系馆主马志士。马志士的宝可梦以电系为主，地面系宝可梦可有效克制，获胜后得到橙色徽章。通关枯叶道馆后，可前往枯叶市东侧的地鼠洞穴，穿过洞穴直达2号道路。若此时已收服10种宝可梦，可在2号道路民居中从博士助手处获得秘传学习器05闪光，为后续探索岩山隧道做准备。
若想提前推进主线剧情，可从华蓝市右侧出发，经9号道路前往10号道路，途中需用居合斩清除挡路树木。10号道路左侧即为岩山隧道，洞穴内光线昏暗，建议让宝可梦学会闪光技能照亮道路，洞内训练师众多，可借此提升宝可梦等级。穿过岩山隧道后直接抵达紫苑镇，后续可前往宝可梦塔推进剧情，解锁更多区域探索权限。
