纪念碑谷全部秘密分为三类，主线隐藏关卡艾达的梦、DLC被遗忘的海岸、秘境彩蛋空间，解锁需依次完成主线通关、解锁拓展内容、收集全关卡隐藏标记三步，单靠推进主线无法触发全部秘密内容，每一类秘密都有独立前置条件与触发操作，所有解锁流程均依托游戏内原生交互，无需外部修改工具。
解锁第一个秘密艾达的梦，前置条件是完整通关原作十章主线关卡，通关动画结束后返回章节选择界面，不直接点击任意关卡，持续向下滑动页面越过片尾文字区域，界面底部会出现无文字标注的风车建筑图标，点击即可进入。该隐藏关卡没有前置付费门槛，滑动操作是关键，多数玩家通关后直接重启关卡，会错过底部隐藏入口，关卡内部以反转重力、多层传送门为核心谜题，场景中多处墙体可超额旋转，在超出通关所需角度后会触发短促音效彩蛋，属于关卡内附带小型秘密，无需额外收集道具即可触发。
解锁第二部分秘密拓展章节被遗忘的海岸，需在游戏主界面点击章节列表上方加号按钮，完成内容获取后才能解锁七道常规关卡与最终隐藏夜曲关卡，全部通关海岸内容后，结算页面会生成专属邀请码，这是解锁最高阶秘密秘境的核心凭证。进入秘境入口选择输入邀请码，填入通关海岸获取的字符序列完成基础激活，此时秘境界面五张插画仍处于锁定状态，需要返回原作与海岸全部十八个关卡收集隐藏几何标记，每一关建筑立面都会出现对应章节的小型图案，无需完整重走关卡流程，进入关卡找到图案轻点即可点亮，集齐全部标记后秘境插画自动解锁，解锁后可查看全套概念美术与专属背景音效，属于收藏向核心秘密。
除大型隐藏关卡与秘境之外，每一关还分布着场景小型秘密，第二章中央塔楼完成正常通路拼接后，继续顺时针旋转两次，建筑右下角会露出凹陷壁龛，内部摆放无图鉴记录的圣蛋，点击会播放独有的清脆钟声；第五章保持场景静止不操作，建筑墙体随时间缓慢收缩扩张，反复点击中心结构能加快律动节奏；第十章观象台通关开门动画播放完毕、未跳转选关界面的间隙，原路返回场景边缘可拾取隐藏光球，这类场景秘密无解锁门槛，仅要求玩家不局限于快速通关，主动尝试机关极限角度、停留观察场景变化即可触发，全部小型秘密无成就弹窗提示，属于隐藏视觉奖励。
所有秘密解锁遵循固定递进顺序，先通关主线解锁艾达的梦，再获取并通关被遗忘的海岸拿到秘境邀请码，接着遍历十八个关卡点亮全部几何标记解锁完整秘境，同时在每一关解谜时尝试机关超额旋转、场景停留观察，就能解锁游戏内全部大小秘密，全程不涉及复杂操作，难点在于容易忽略滑动页面、通关后短暂停留这类细节交互，不少玩家仅解锁部分隐藏内容，就是跳过了收集标记与超额操作机关的步骤，理清解锁层级后就能一次性解锁全部游戏秘密。
